东京大学仍是采取学院制的大学，各校区实际可以称为驹场学院、本乡学院和柏学院。每个学院的自主权非常大，授课时间都不一样。但另一方面，学生在选择选修课的时候，有着很大的自由权力，所有学院的课程都可以选修。